كما للثوم من فوائد كذالك له اضرار فقط تقتصر على فئه معينه وعلى استخدام معين:
وقد حذرت دراسة جديدة نشرتها مجلة "الأمراض المعدية من أن الثوم قد يشكل خطرا على صحة مرضى الإيدز وحياتهم بسبب تأثيره السلبي وتعطيله للعلاجات المخصصة لهذا المرض رغم الفوائد العديدة المعروفة عن الثوم.
ووجد بعض الباحثون في الحساسية والأمراض المعدية أن الثوم الذي يشيع استخدامه بسبب الاعتقاد بأنه يقلل مستويات الكوليسترول في الدم والتي تزيد بسبب بعض علاجات الإيدز, يقلل مستويات دواء "ساكوينافير" في الدم إلى النصف.
الثوم مادة غنية جدا إلا أنها تسبب عسر هضم أحيانا ،وتهيجا معويا ، أو تخريشا في الجهاز البولي . لذا ينبغي تحاشي الإكثار منه أو تحاشي تناوله من قبل المصابين باضطرابات معوية مثل كسل المعدة وضعفها ، أو القصور الكلوي الإكثار من أكل الثوم يولد الحكة والبواسير ويفسد الهضم ويسبب حرقان فى المعدة والامعاء والمرىء